El 18 de mayo de 1561 se obtuvo la autorización por Cédula Real para edificar la iglesia Catedral, cuyo costo sería cubierto por la Real Hacienda, los encomenderos y los indios (disposición que no se cumplió del todo); así que el 31 de julio de 1561, Fray Pedro de Ayala quien fue el segundo obispo de la Nueva Galicia, colocó y bendijo la primera piedra de este bello templo.

A la ceremonia de esta colocación asistieron los cabildos eclesiástico y civil, la Real Audiencia y los nobles de la ciudad; poco después dio inicio la obra bajo la dirección del Alarife Martín Casillas, quien era "el maestro más insigne del reino".
La obra caminó muy despacio pues hacia falta el dinero, Leopoldo l. Orendáin nos cuenta que: "para Colmo de males, por un descuido, quemando pólvora para festejar las Pascuas del Espíritu Santo, cayó sobre el techo de zacate un flamazo.

Pronto se propago la lumbre al templo que quedó convertido en pavesas. Nada de "las muchas cosas de muy probado valor" se salvaron, a causa de esa desgracia ocurrida en 1574.

Las pérdidas se estimaron en más de 20,000 ducados" ( se refiere a la antigua Catedral). Con la falta de dinero y con la lentitud de los procedimientos administrativos, la construcción crecía muy lentamente; el Cabildo le manifiesta a las autoridades superiores, en abril de 1618, que ya se tiene culto en la nueva iglesia desde febrero, pero "pasan muy graves incomodidades por faltar mucho para acabar la dicha obra, como es el coro, puertas, ventanales, gradas, retablo, sacristía, sala de cabildo y, las demás oficinas necesarias".

A los cincuenta y seis años, seis meses menos tres días después de iniciada la obra, el lunes 19 de febrero de 1618 fue la dedicación de este templo, aunque se encontraba aún sin decorar, la fachada incompleta y sin torres. Se cuenta que ese día el Dean Antonio de Avila de la Cadena acompañado de muchos fieles, trasladó el Santísimo Sacramento de la vieja a la nueva Catedral. Mota Padilla nos da una reseña del evento: "Cantó la misa el arcediano Dr. Pedro Gómez de Colio, de quien ya vimos haber sido el primer sacerdote criollo de Guadalajara, el evangelio D. Juan de Torquemada, racionero y la epístola D. Diego García: predicó el Deán D. Antonio de Avila de la Cadena, asistió la R. Audiencia, que se componía de D. Juan de Avalos Toledo, D. Bartolomé de la Canal de la Madrid y D. Diego Medrano, oidores, siendo fiscal D. Gaspar de Chávez Sotomayor y alguacil mayor de Corte, D. Juan González de Apodaca; al lado de la epístola estaba una banca con los oficiales reales D. Francisco de Velasco,

Hernando de Múgica y Rodrigo de Zepeda; y después de la audiencia estaba otra banca de la ciudad, un estrado de tablas con sus barandas, en que se arrimaban las señoras oidoras, y el banco de oficiales reales que no tenía espaldar......". La dedicación se hizo bajo el título de la Asunción de la Sma, Virgen.

El historiador Ignacio Dávila Garibi nos narra que: "Los primeros altares fueron muy modestos a causa de la escasez de fondo en que se hallaba, entonces el cabildo eclesiástico; pero poco a poco fueron sustituidos por otros mejores, debidos a la piedad de algunos capitulares adinerados que destinaron gruesas sumas a la reconstrucción de los altares dedicados a los santos de su especial devoción. Según dice el P. de la Castilla, durante el pontificado del Exmo. Sr. Garabito se enriqueció este templo con vistosos colaterales y una crujía se formó un amplio cementerio, precisamente en el lugar que ocupa ahora el Sagrario Metropolitano; sus pretiles se coronaron de barandillas y almenas y se terminó la principal torre que queda al norte, próxima al palacio episcopal; poco después quedó también concluida la que está más al sur.
Cada una de estas torres estaba rematada por una enorme bola de piedra que sostenía una pesada estatua de cantera revestida de láminas o chapas de plomo representando una de ellas a San Miguel Arcángel y la otra al apóstol Santiago"

Hubo varios temblores que dañaron la construcción de Catedral, en 1687, 1739, 1749 y 1818 principalmente, el 22 de octubre de 1749 se cayó el frente del templo y el 31 de mayo de 1818, se derrumbaron las ya nombradas torres que eran muy parecidas a las que tiene el templo de San Francisco de esta ciudad. Muchos años duró la Catedral sin torres, fue hasta mediados del siglo XIX cuando el Arq. Manuel Gómez Ibarra construyó las actuales; "costaron, del 30 de julio de 1851 al 15 de julio 1854, 33,521 pesos más 7,166 de honorarios al arquitecto a razón de 2,000 pesos anuales" ( se empleo piedra pómez para aligerarlas en caso de temblor) Se cuenta una leyenda sobre la construcción de dichas torres, José Cornejo Franco nos dice que cuando el obispo Aranda y Carpinteiro, después de la procesión de Corpus (por 1850-1851), "el prelado amortiguaba el calorón de junio con pitayas servidas en un platón de aquellos con figuras y paisajes donde se veían campanarios piramidales, como los nuestros, y los dio por modelo al arquitecto" Gómez Ibarra.
Como dato curioso, las torres de este templo no miden lo mismo, la del lado norte mide 65.91 metros y la del sur 65.55; esta diferencia estriba en que la cruz del sur fue encajada un poco más al ser colocada en la punta de esta torre. Estas torres albergan a 16 campanas, la más vieja data de 1661 y la más joven de 1877.

El 22 de octubre de 1716, el obispo Mimbela consagró solemnemente esta iglesia y altar en honor a la Asunción de la Sma. Virgen, encerrando en el altar las reliquias de los santos mártires Concordio, Celso, Defente y Felicísimo.
Lucía Arévalo nos dice que: "La iglesia Catedral es de tres naves y seis tramos. La nave central estuvo hasta 1827, interceptada por el coro, fecha en que se cambio al lugar actual, sitio que antes ocupaba la Capilla de los Reyes. Debajo del coro y del altar mayor está la cripta que guarda los restos de varios de los obispos de Guadalajara.

Carece de capillas laterales, cuyos muros presentan arcos rehundidos con altares de cantería, y la capilla mayor es cuadrada. Los soportes son pilares cruciformes con medias columnas de fuste estriado y capitel toscano.
Corona el pilar un trazo de entablamiento; el vano Rectangular y los ósculos de los ventanales se parecen a los de la Catedral de Málaga. En el friso se continúa la convexidad de las columnas. La cubierta es gótica y de la misma altura de las tres naves; las bóvedas de la nave central son de terceteles y las ventanas, formadas por un vano rectangular y de dos ósculos son de "estirpe granadina".

Las Capillas más antiguas de la Catedral están bajo las torres, la más vieja era la del Sagrario (hoy el Señor de las Aguas) y al de enfrente (que lleva mucho tiempo cerrada) que llamaban del Marqués, dedicada a Nuestra Señora de la Soledad. El señor Fray Luis del Refugio de Palacio en su obra "Recopilación de Noticias que se Relacionan con la Milagrosa Imagen de Nuestra Señora de Zapopan", nos cuenta la leyenda del origen del Señor de las Aguas: "Es memorable, en la historia de Jalisco la inundación de los pueblos que había en el local que ocupa hoy la laguna llamada de la Magdalena. Una culebra de agua los destruyó y absorbió los más de sus habitantes. Con el resto se fundó de nuevo el pueblo de la Magdalena, y dejándose ver después de la inundación en la superficie de las aguas una imagen venerable de Nuestro Señor Jesucristo crucificado que de contado pertenecía a alguna de las iglesias de los pueblos inundados, entraron en pleito en tal forma los indios que pretendían separarse y llevarlo a la respectiva iglesia. La curia eclesiástica mandó traerlo a Guadalajara y para cortar un rompimiento entre ambos partidos, la colocó en la Catedral, y es el que se venera con el nombre del Señor de las Aguas". En 1827 se trasladó el coro a lo que por muchos años había sido Capilla de los Reyes, detrás del altar mayor, trabajos que se le encargaron al Arq. Mariano Mendoza quien fue el que construyó la cúpula del coro que arruinaron los temblores de 1875, al cual fue sustituida por la que se encuentra actualmente, obra del ingeniero Domingo Torres.

En la parte baja del coro se encuentra una cripta (recientemente remodelada) donde descansan los restos de varios obispos, "a la que antiguamente bajaban los canónigos el día de finados a cantar los últimos responsos del oficio de difuntos".

Aquí se encuentran los señores José Garibi Rivera, José Salazar López, Juan Santiago y Garabito, Juan Jesús Posadas Ocampo, Fco. Gómez de Mendiola y el Corazón de Juan Ruiz de Cabañas y Crespo. En 1863, se sustituyó el antigua altar mayor que era todo de plata v fundido en 1860, se remplazó por el ciprés de mármol que regaló el obispo Espinoza y Dávalos, traído de Génova y costó la grandiosa cantidad de treinta mil pesos de los de aquel entonces (ciprés que fue quitado hace pocos años e ignoro donde se encuentre). Dávila Garibi en sus "Memorias Tapatías" nos dice algo del antiguo altar: "Tenía la forma de un bellísimo ciprés de planta cincelada, de indiscutible mérito y gran valor; sus frontales eran también de bruñida plata, lo mismo que los innumerables objetos que lo adornaban, siendo el principal una gran lampara que pendía del centro de la nave en dirección del templete y que según el Dr. Del Campo y Rivas, tenía tres varas de diámetro, nueve de circunferencia y otras tantas de longitud; se componía de tres mil doscientas setenta y siete piezas, las cuales, sin incluir los arcos y varillas de refuerzos, pesaban cuatro mil setecientos marcos y tres onzas y media de plata. Esta valiosisima lámpara con los candiles, candelabros y candeleros de plata que le hacían juego, se fundió lo mismo que la plata que cubrían el altar mayor, durante la llamada "Guerra de Tres años", perdiéndose con esto una verdadera fortuna".

El literato e historiador José Cornejo Franco nos dice que la Catedral tiene una fachada monumental "con sus contrafuertes, en los espacios que éstos dejan se ven la portada principal y dos laterales que dan entrada a las naves de la iglesia, tres naves cuyas bóvedas se encuentran a la misma altura. Los frontis son airosos y bien proporcionados; columnas dóricas sostienen el arquitrabe rematado por un frontón triangular en las portadas laterales; la central de peralta y sus columnas, con las del segundo cuerpo, tiene capiteles corintios", en el intercolumnio superior tres imágenes en sus nichos, rematando en frontón partido.

Toda la fachada está cubierta por enorme frontón, circular, almenado, con un pabellón gótico, de reminiscencia mudéjar, sobre el eje, la caseta del reloj; el tímpano de este frontón está ornamentado con un bajo relieve que representa la Asunción de María.

Los cubos de las torres sostienen el antiguo primer cuerpo de los campanarios de pilastras y comisas toscanas, con dos arcos en cada frente; ya el segundo cuerpo es de mediados del siglo pasado, con apareadas lucernas ovales; de él que arrancan los remates piramidales......"Como dato curioso, a los campanarios se llega tras 98 escalones. En 1915 se quitó el atrio que tenía la Catedral, el cual era "amplio, enverjado entre pilastras rematadas con macetones, y cuatro grandes canceles, obra toda del primer arzobispo Don Pedro Espinosa (1853 -1866). Antes, la gradería avanzaba hasta la plazuela, habiendo de trecho en trecho guardacantones con argolla para que los señores capitulares que venían a coro en cabalgaduras, las amarrasen".

Al centro de la fachada de Catedral está un reloj que antes estaba colocado en la torre sur hasta 1877; en 1910 se traslado al Santuario de Guadalupe; se colocó uno nuevo (el que hoy está) "con soneria, adquirido por el Exmo., Sr. Lic. Don José de Jesús Ortíz", corona a este reloj una cruz de hierro catada. Sintetizando un poco, la Catedral mide 77.80 metros por 72.75 metros y 65.91 de altura máxima, posee 30 columnas dóricas, tres naves, tres puertas en la fachada, coro, altar mayor, once altares laterales, está dedicada a la Virgen de la Asunción y conserva muchas reliquias. Eduardo A. Gibbón en su obra "Guadalajara (La Florencia Mexicana)" refiriéndose a Catedral nos dice que: "Desde las bancas de hierro del aromático jardín de la Plaza de Armas, he contemplado, absorto el pensamiento, esa enorme mole arquitectónica de tan bellas líneas y matemáticas proporciones destacándose ante mi vista como un palacio de oro bañado todo por la argentina luz de la luna".
En el entablamento de la fachada, entre dos amplias comisas, esta escrito el texto del Salmo

126:NISI DOMINUS EDIFICAVERIT DOMUM IN VANUM, LABORAVERUNT QUI AEDIFICANT EAM.

Que significa, "Si el señor no edifica la casa, en vano trabajaban los que la construyen". Cornejo Franco nos sigue informando que: "La Sacristía es amplia, con cubierta de crucería; lateralmente, en los lunetos dan luz los vanos rectangulares de labrada cantera; el piso es de buena madera y en tres tramos de cajonera tallada se guardan los ornamentos. Cubre el testero gran mural con su marco dorado, copia de la Disputa del Sacramento de Rafael, ejecutada por Don Felipe Castro". También en la Sacristía se encuentra un bello cuadro de la Purísima Concepción, obra del pintor español Bartolomé Esteban Murillo.