Recién llegados a esta definitiva Guadalajara, sus pobladores comenzaron a levantar sus casas y una iglesia dedicada a San Miguel Arcángel, por el voto hicieron de tenerlo como patrón y de edificarle capilla, en memoria y agradecimiento de haberlos librado de la furia de los indios en una gran guerra, allá por 154l. Leopoldo l. Orendain nos dice que: "Humildes por no decir miserables, fueron las primeras, fincas levantadas a raíz de la fundación de Guadalajara.

Ni para la Iglesia se notó preferencia, a pesar de que los indios trabajaban de balde y los españoles tenían la obligación de proporcionar gratis los materiales.

"Un jacalón de tres naves, cual troje de rancho, servía para el culto divino. Sesenta, bajo la férrea vigilancia de los encomenderos, levantaron las paredes en tres meses. Cuando ya los tuvieron a la altura conveniente, los enviaron por manadas, a conseguir el zacate necesario para la cubierta. Cortaron más de cuatrocientas cargas, en los pajonales que crecían por los alrededores de la naciente ciudad".

El historiador Ignacio Dávila Garibi nos informa que Guadalajara contaba con una iglesia catedral y era "una destartalada capilla pésimamente construida y cubierta de paja, estaba situada en al calle de Hidalgo al oriente de la ciudad, en el sitio que ocupa actualmente la Escuela Normal de Profesores y que muchos años fue Liceo de Niñas del Estado, habiendo sido antes enfermería del Convento de Santa María de Gracia (hoy Palacio de Justicia)". El Cabildo dispuso en marzo de 1553, que "se cubran de paja nueva la Iglesia y las campanas, para que no se mojen como antes".

A este templo se le llamo la "Iglesia chica", para distinguirla de la, segunda levantada sobre esta primera, de adobes y cubierta de zacate, "Además del Titular, se veneraba un Santo Crucifijo y para los bautismos contó con capilla de agua bendita", En enero de 1554 el cabildo dispuso que "se traigan de México cuatro vinajeras y cuatro candeleros de azofar ochavados, y un misal, diez varas de paño colorado de la tierra y ocho libras de cera gruesa". El primer capellán de coro fue Antonio Jiménez y el 5 de febrero de 1555 se nombró cura a Diego Frías; en 1556 compraron dos órganos que costaron 200 pesos y el 20 de enero de 1569, se le nombró organista al canónigo Pedro Merlo con salario de 40 pesos anuales.

El 3 de enero de 1570 acordó el cabildo que la iglesia no se cubra de tejamanil por... lo muy costoso de los materiales... por tanto que se cubra de paja a la tarasca, o que se cubren sus casas los tarascos. El 27 de marzo de 1561, el obispo Fray Pedro de Ayala le pidió al Rey, "Suplico a vuestra majestad sea servido de hace merced a esta iglesia, que ha hecho y hace a otras destas que se empiece a hacer, por que la que ahora hay es muy pequeña y de paja, y por lo haber - ya estorbado, por que con dificultad caben los españoles en ella, y no se podrá dejar de hacer, y no tiene anchura para hacer dentro de ella una procesión, y ésta será una muy gran merced y limosna que nuestra majestad me hará a mi y a todos".

El 18 de marzo de 1561 se obtuvo la autorización real para edificar la iglesia Catedral, cuyo costo sería cubierto por la Real Hacienda, los encomenderos y los indios, disposición que no se cumplió del todo y que al paso del tiempo implicó serios problemas económicos para continuar con su construcción. La obra comenzó el 31 de julio de 1561, día en que Fray Pedro de Ayala colocó la primera piedra de la actual Catedral. Era necesario y muy urgente que esta antigua catedral se agrandara, pues aparte de los ya numerosos vecinos, llegaban a Guadalajara la Sede, la Audiencia y la Real Caja, Enrique Marcos Dorta en su "Fuentes para la Historia del Arte Hispanoamericano" nos informa que: "Este xacal grande de tres naves se comenzó en 1565. En el mes de agosto quedaron concluidos los cimientos y empezaron a alzarse las paredes con los adobes fabricados por sesenta obreros indios durante más de tres meses de trabajo. Se habían reunido cuatrocientas "cargas de xacate" para la cubierta......".

Dorta continúa diciéndonos de los demás artículos que se utilizaron en la construcción como postes, vidas, maderos, etc. El maestro de la obra fue Alfonso de Robalcava en 1570 se construyó la sacristía y cuatro años después se hizo la torre; este templo tenía cimientos de piedra, muros de adobe y el suelo de madera. Contaba entre sus adornos con un hermoso retablo de "ecaxes y entallado y dorado", obra del maestro carpintero Pedro Yuste. El domingo 30 de mayo de 1574, cuando celebraba la solemne misa el Pbro. Bernardo de Balbuena, a la hora de entonar el "Gloria in excelsis Deo", varios vecinos dispararon unos tiros en el corral contiguo a la iglesia, lo que ocasionó que se incendiara el techo de la iglesia: El fuego se desplaza rápidamente consumiendo en poco tiempo la paja, la campana comenzó a repicar (la única que había en la ciudad) dando el "toque de incendio", alarmando al vecindario. El padre Balbuena junto con algunos empleados intentó sacar el retablo que empezaba a arder, cosa que fue imposible pues las flamas se dispersaron de prisa.

El fuego del retablo se pasó a los escaños y sillas corales, y de ahí la sacristía, donde consumió ornamentos, vasos sagrados y una rica custodia de plata dorada, alcanzando las pérdidas a un monto de veinte mil ducados, cantidad fabulosa en aquel tiempo. El 29 de febrero de 1576, el obispo Francisco Gómez de Mendiola, el Deán y el Cabildo le pidieron al rey ayuda para comprar ornamentos y otros objetos para el culto divino; pasó el tiempo y por fin en 1618, dieron los oficios en la nueva y definitiva Catedral. José Cornejo Franco en su "Reseña de la catedral de Guadalajara" nos cuenta que: "Desapareció esta pobre iglesia, tan llena de vicisitudes como su cabecera, la Ciudad, que tantas tuvo en sus orígenes, cuando se amplió el monasterio de Santa María de Gracia, en el pontificado del Ilustrísimo Señor Don Francisco de Rivera y Pareja, O.M., 1618-1630, ocupando su sitio, "el dormitorio de nuestra enfermería y hoy es el zaguán y dos pisos del Liceo de Niñas, que paso al Gobierno Civil", según dice la Madre Sor María Dolores de las Llagas de Cristo Rivera y Sanromán, cronista del mismo convento y hermana del Dr. Don Agustín Rivera y Sanromán.