La iglesia de San Sebastián de Analco es una de las más antiguas de esta ciudad, ya que la primera referencia histórica en que se nombra, data de 1560: "El 10 de diciembre de 1560 se notaba inusitado movimiento en la ciudad de Guadalajara de Indias, perteneciente al Reino de Nueva Galicia.

La multitud se encaminaba con premura al oeste de la población, dejando a su derecha la Ermita de San Sebastián, para ir al encuentro de los oidores, alcaldes mayores que venían a instalar la Audiencia Real".

La construcción del templo era sencilla, de adobe, techo de zacate y tenía una imagen de San Sebastián Mártir, de la cual se dice que sudó sangre el Miércoles de Ceniza de 1609. En 1696, por instancias del obispo Juan de Santiago, se logró la autorización real para ampliar la ermita, trabajos que se llevaron a cabo el siguiente año; la ermita se agrandó hasta formar una nave central con dos capillas laterales que cruzan al centro.
En el templo actual está una placa conmemorativa que dice:
"AQUÍ ESTUVO LA ERMITA DE SAN SEBASTIÁN MÁRTIR HASTA LA PRIMERA MITAD DEL SIGLO XVII EN QUE DIO PRINCIPIO LA CONSTRUCCIÓN ACTUAL",
Terminando el siglo pasado, se construyó la Casa de Ejercicios al costado oriente al templo, esta casa tenía dos departamentos, uno conocido como del Divino Salvador y el otro de San Felipe, tenía 16 celdas, refectorios y los servicios indispensables para las personas que hacían sus ejercicios espirituales por varios días. También se construyó un pequeño patio muy hermoso, circundado por una arquería barroca, la cual originalmente estuvo en el antiguo convento de Santa Mónica; esta arquería era popularmente conocida como "Patio de los Angeles", nombre que adquirió por una leyenda del siglo XVlll.

Cuentan que cuando se construía el templo y convento de Santa Mónica, un día de esos se presentó un grupo de jóvenes para ofrecer sus servicios en los trabajos de labrado de canteras y las monjas aceptaron el ofrecimiento; así que comenzaron a esculpir las columnas y los arcos del patio monacal, labraban con maestría y rapidez que hasta gusto daba verlos. Cuando la obra estuvo terminada se buscó a los jóvenes canteros para pagarles por su excelente trabajo, pero no fue posible encontrarlos por ningún lado, la gente no pudo dar noticias ni de su paradero ni de su procedencia; y lógicamente que las monjas le atribuyeron la construcción a los mismísimos ángeles, de aquí el nombre que ostenta hoy. Fray Luis de Palacio nos describe algo de como era este patio: "El patio del claustro principal, aunque de obra tosca y proporciones bastas, chaparronas, era bien proporcionado y hermoso por la exhuberancia del ornato lapídeo.

Le decían "el patio de los Angeles", porque al querer pagar a los operarios, ninguno apareció más... Los techos en la parte baja eran también bajos, pero magníficos, con la viguería montada en canecillos y solera con molduras; cuya parte baja era tristona y sombría. Hoy todo quedó asolado, para dar lugar al nuevo y moderno edificio del Seminario Conciliar. Los pilares y arcos historiados fueron a dar a San Sebastián de Analco, aunque ya no los montaron en forma de claustro, sino en partes, acá y acullá. El presbítero J. Jesús Jiménez nos dice que: "No era una construcción majestuosa, sino más bien basta y chaparra. El aspecto, por lo bajo de los techos, era sombrío.

Mas le daba hermosura al edificio, el claustro bajo, con su profusión de adornos en la cantería de los arcos, las columnas estriadas con hermosos capiteles corintios y la viguería del techo "montada en canecillo y solera con moldura". Se le llamaba a este conjunto Patio de los Angeles, no por lo hermoso y bien trazado, sino porque existió la tradición de que a los jóvenes que lo construyeron, al irles a pagar lo debido por su trabajo, encontraron que habían desaparecido. Estos arcos y columnas del claustro bajo, al derribarse totalmente el convento, se trasladaron a una dependencia de San Sebastián de Analco.

Cuando se clausura el convento de Santa Mónica, quedó abandonado por muchos años y la arquería estuvo a punto de quedar destruida, pero gracias a la intervención del sacerdote Salvador Morales, quien fue el constructor principal de la Casa de Ejercicios del templo de San Sebastián, la arquería y las columnas fueron desmontadas y las trasladaron a dicho templo donde fueron reinstaladas. Por varios años esta construcción, estaba mal utilizada y medio abandonada, este local fue destinado primeramente para sede del Museo de la Ciudad, pero este proyecto se vino abajo; un tiempo este patio sirvió de galería para exposiciones de artes plásticas y eventos culturales.
Después de muchas gestiones, esfuerzos y papeleos, el licenciado Alfonso de Alba quien fundó el Colegio de Jalisco, obtuvo el edificio para que ahí fuera la sede del colegio; lo restauró y respetó el bello Patio de los Angeles. Cuando las explosiones del 22 de abril de 1992 en el Sector Reforma, este patio se convirtió en uno de los albergues para los muchos damnificados. Por fortuna se ha revivido y conservado el viejo nombre de Patio de los Angeles, arcos y pilares de un viejo convento, que hoy contemplan la historia y la vida de la gente tapatía.