A mediados del siglo XVIII, Marcos Flores que pertenecía a la Tercera Orden de San Francisco tuvo la idea de formar un recogimiento de mujeres pobres, que por medio de sus trabajos manuales pudieran vivir y que con el paso del tiempo, se convirtieran de simples beatas en religiosas conventuales. Así que Marcos les propuso la idea a sus hermanas y éstas aceptaron su petición de muy buena gana; al poco tiempo logró que el Ayuntamiento le cediera un terreno desmantelado, al sur de la ciudad. Dicen por ahí que Marcos trabajaba como maestro albañil y le servían de ayudantes, sus mismas hermanas. En 1776 Marcos Flores murió, pero dejó muy adelantada la empresa, puesto que el número de mujeres recogidas aumentó considerablemente.

En ese mismo año el provisor del Obispado, el señor Larragoiti, se encargó de amparar el establecimiento, y en el cuidado espiritual de las beatas, estuvo bajo la batuta del cura Nicolás Chávez. Miserable y precaria era la existencia de esta comunidad, con decirles que el médico de la casa aseguraba, que las beatas morían más de hambre que de enfermedad.

La comunidad estaba a punto de ser disuelta, por hallarse congregada sin licencia alguna y el padre Chávez al ver esto, les aconsejó a las beatas, como recurso salvador, que abrieran una escuela de doctrina cristiana de diversas artes. La escuela quedó abierta y la comunidad que se encargó de ella tomó el nombre de "Congregación de Maestras de la Caridad y enseñanza", el sábado 4 de octubre de 1777. Los resultados fueron tales, que el mismo Antonio Alcalde comenzó a proteger a las congregantes y les obsequió como regalo de Pascuas, cien pesos, como lo siguió haciendo por varios años. El padre Chávez fue a México y trajo tornos para hilar y muchos objetos para las labores del colegio. El número de novicias se hacía mayor y viendo el señor Alcalde los buenos resultados que podía dar al público esta institución, se propuso dotarlo completamente y decidió que el establecimiento se cambiara a una finca frontera al templo de Nuestra Sra. de Guadalupe.

El Colegio se trasladó el 26 de agosto de 1784 y tomó el nombre de "Congregación de Nuestra señora de Guadalupe" o "Beaterio Nuevo", cambiando también sus hábitos azules de la Orden Franciscana, por uno negro; estando a cargo de las religiosas de Santa Clara. Esta Congregación fue formada con el fin de dar refugio "A las mujeres y doncellas que aspiran a menudo a la vida religiosa, las cuales, o por debilidad de su natural complexión o por lo avanzado de su edad, o por no sentirse inclinadas a practicar las asperezas y penitencias corporales, no pueden entrar en las religiosas en que se les obliga a esto". Y deben ser recibidas no sólo las vírgenes, sino las viudas legítimamente libres del cuidado de los hijos; las de edad, con tal de que tengan buen espíritu; las corporalmente deformes, "si no la tienen en el corazón", y las enfermas, excepto las atacadas de mal contagioso.

A todo esto también hay que agregar que tenían por ocupación principal la enseñanza de las niñas. Después del traslado a su nuevo hogar, las beatas decidieron abrir las doctrinas públicas el 6 de septiembre de 1784, enseñando el aprendizaje de la doctrina cristiana, lectura, escritura, algo de aritmética, hacer flores artificiales, labrados, tejidos de lana, algodón, lino, seda y otras cosas propias del sexo; en 1791 ya había clases de solfeo y música, poco después recibió un clave esta institución. Al paso del tiempo, las labores manuales alcanzaron gran fama por su perfección en el bordado, las flores artificiales, sus dulces y sobre todo "la pegadura o buche de pescado". Con la Independencia un gran número de españoles asustados dejaron antes de huir al aproximarse los insurgentes a Guadalajara, a sus hijas al cuidado de las beatas como un seguro asilo.

En 1810 una parte de la antigua "Casa de Recogidas" o "Beaterio Viejo" (a un costado del templo del Pilar), estaba destinada a cárcel de mujeres, las cuales pasaron después de un tiempo a la penitenciaría de Escobedo (hoy Parque de la Revolución). Fue clausurado el Beaterio el 10 de agosto de 1861, dejando en su historia a más de veinticinco mil señoritas educadas en los menesteres femeninos. Esta casa de educación regaló a Guadalajara su mejor legado, "la educación y servicio". Parece ser que el gobierno vendió la propiedad del "Beaterio Viejo". Después la ocuparon las religiosas Reparadoras, posiblemente a principios de este siglo. En el tiempo de la persecución religiosa del presidente Calles, fueron expulsadas las monjas; pasada la persecución religiosa se estableció el Colegio Cervantes de los hermanos Maristas, después por algunos años el Colegio Allende y actualmente sólo nos queda el recuerdo de la gran obra formada por el hermano Marcos Flores, perteneciente a la Tercera Orden de San Francisco y por supuesto a sus hermanas Francisca de la Concepción, Ana rosalía Flores y María Ignacia de Guadalupe.